Για να παραμείνει ο ηγέτης μιας τόσο ανταγωνιστικής αγοράς, το RAV4 αναβαθμίστηκε ακόμη περισσότερο κατά την παρουσίαση της 3η Γενιάς, το 2006. Όπως και στην προηγούμενη γενιά, οι αλλαγές στη στιβαρότητα του αμαξώματος, μείωναν το θόρυβο και τους κραδασμούς ακόμη περισσότερο.
Η μεγαλύτερη καινοτομία όμως αφορούσε την υιοθέτηση ενός ολοκληρωμένου συστήματος επιλεκτικής κίνησης 4x4 σε συνδυασμό, για πρώτη φορα στην κατηγορία, με τα συστήματα πρόσφυσης και ευστάθειας (Integrated Dynamic Drive). Αισθητήρες παρακολουθούν ενεργά τις οδικές συνθήκες και στέλνουν σήματα στις μονάδες ελέγχου που αυτόματα υποστηρίζουν τον οδηγό, συντονίζοντας τα συστήματα 4x4 κίνησης και ελέγχου ευστάθειας του οχήματος, με οφέλη τόσο στην κατανάλωση καυσίμου όσο και στις εκπομπές.